İşte kupada gruplar

Kura çekimi Ataköy Olimpiyatevi'nde yapıldı. Kupada grup müsabakaları 5'er takımdan oluşan 4 ayrı grupta, toplam 20 takım arasında oynanacak. Her takım 2'si iç saha, 2'si de dış sahada olmak üzere toplam 4 maç yapacak ve gruplarında ilk 2 sırayı alacak takımlar çeyrek finale yükselecek.

Grup müsabakaları beşer takımdan oluşan dört ayrı grupta 29 Ekim 2008 - 11 Ocak 2009 tarihleri arasında arasında oynanacak.

A GRUBU
G.Antep B.B
Antalyaspor
G.Antepspor
Trabzonspor
Beşiktaş

B GRUBU
Malatyaspor
Altay
Kayserispor
Ankaraspor
Galatasaray

C GRUBU
Alanyaspor
Manisaspor
Konyaspor
Denizlispor
Sivasspor

D GRUBU
Tokatspor
Eskişehirspor
Bursaspor
Ankaragücü
Fenerbahçe

2007-2008 futbol sezonunda Turkcell Süper Lig'i ilk 4 sırada tamamlamış olan Galatasaray, Fenerbahçe, Beşiktaş ve Sivasspor seri başı olarak gruplarda yer aldı. Eleme aşamasında tur atlayan 16 takımın gruplara dağılımı ise kura ile belirlendi.

Fortis Türkiye Kupası 2. kademe karşılaşmaları sonunda Alanyaspor, Altay, Ankaraspor, Ankaragücü, Antalyaspor, Bursaspor, Denizlispor, Eskişehirspor, Gaziantepspor, Gaziantep Büyükşehir Belediyespor, Kayserispor, Konyaspor, Malatyaspor, Manisaspor, Tokatspor ve Trabzonspor gruplarda mücadele etmeye hak kazanmıştı.

29 Ekim 2008
Grup 1. Maçları

12 Kasım 2008
Grup 2. Maçları

28 Aralık 2008
Grup 3. Maçları

07 Ocak 2008
Grup 4. Maçları

11 Ocak 2009
Grup 5. Maçları

18 Ocak 2009 
Çeyrek Final 1. Maçları

28 Ocak 2009 
Çeyrek Final 2. Maçları

04 Mart 2009 
Yarı Final 1. Maçları

22 Nisan 2009
Yarı Final 2. Maçları

13 Mayıs 2009
Final